Klokkespillet i tårnet
Helligaandskirken har Danmarks ældste tradition for klokkespil. Christian den fjerde skænkede i 1647 kirken et "sangværk" med 19 klokker, støbt af hollandske Henrik Vestrinck. Kirkens oprindelige klokkespil gik til grunde ved branden i 1728. Historien vil vide, at mens kirken brændte, spillede klokkerne salmen "Vreden din afvend, Herre Gud, af nåde".
Først i 1947 fik kirken igen et klokkespil. Det blev fremstillet af Jydsk Jernstøberi og Maskinfabrikken og havde et omfang på 41 klokker. Det var fremstillet af efterkrigstidens malm, men måtte pga. slitage og korrosion tages ud af drift i 1990.
I 2003 kunne kirken for trejde gang indvie et nyt klokkespil - takket være en gave fra A.P. Møller og hustru Chastine Mc-Kinney Møllers fond. Det nuværende klokkespil er bygget af Royal Eiisbouts i Holland og Thubalka i Vejle. Klokkespillet består af 49 klokker stemt i kammertone, kromatisk fra C1 til C5. Den dybeste klokke vejer 2,3 tons, den højeste 18 kilo. Tilsammen vejer klokkerne ca. 14 tons.
Klokkespillet har to vidt forskellige funktioner; automatisk og manuelt spil
Det automatiske klokkespil programmeres af klokkenisten via en computer til at spille enkle melodier på fastsatte tidspunkter klokken 9, 15, 18(sommer)/19(vinter) og 21. Melodierne kan ændres efter kirkeårets karakter. De tre øverste ud af de fire oktaver indgår i det automatiske spil. En lille hammer slår udvendigt forneden på klokken. Spillet kan ikke nuanceres, alle klokker anslås lige kraftigt, hvorfor de større klokker klinger forholdsvis kraftigere og længere end de mindre.
Det store instrument spilles manuelt fra et stok-klaviatur, der befinder sig i en kabine oppe i kirkens lanterne, mellem øverste murværk og kobberbelægningen - med udsigt over byens tage. Klokkenisten spiller med hænder og fødder på tangenter af form som overskårne kosteskafter. Hver tangent aktiverer en knebel, der er anbragt tæt på klokkens inderside, sådan at klokkenisten kan nuancere sit spil fra blidt piano til kraftigt forte.